Les tests antigéniques à l’épreuve du réel : Comparaison des résultats obtenus par test Antigénique rapide versus RT-PCR pour le diagnostic du SRAS-Cov-2 en condition réelle.

Contexte

Le déploiement massif des tests antigéniques rapides a été organisé par le gouvernement afin de compléter l’arsenal diagnostic. Les réserves émises par les publications scientifiques sur les indications très ciblées de ces tests n’ont pas été retenues par les autorités compétentes (Ministère de la Santé à la suite des avis de l’HAS). Dès la mise sur le marché de ces tests antigéniques rapides (Ag) à la recherche de SRAS-cov-2, l’immense majorité des laboratoires de biologie médicale ont alerté les autorités sur les défauts de sensibilité et de spécificité de ces tests versus la technique de référence (RT-PCR) en s’appuyant sur des études réalisées dans nos laboratoires et sur des études réalisées en milieu hospitalier (Hôpital Henri Mondor (AP-HP) qui a évalué 6 trousses de tests antigéniques, le CNR qui a évalué la trousse ABBOTT).

L’utilisation massive de ces tests par des professionnels de santé sans formation en biologie médicale, la non-maitrise des phases pré-analytiques (réalisation du prélèvement notamment, identitovigilance, etc.), analytiques (maîtrise des conditions de réalisation du test selon les strictes recommandations du fournisseur : température, temps de lecture, etc.) et post-analytiques (résultats interprétés sur un compte rendu, document normalement opposable) semblent être des facteurs aggravants des mauvaises performances obtenues avec ces tests.

Objectifs & Méthodes

Afin d’obtenir une vision réelle de l’impact du mode d’utilisation des tests antigéniques en France, les laboratoires Biogroup (1er réseau français de laboratoires privés) ont mené l’étude suivante.

Depuis le 23 Novembre 2020, les patients se présentant dans un laboratoire du réseau Biogroup pour une PCR SRAS-cov-2, sont invités à répondre à la question suivante : « Avez-vous réalisé un test Ag dans les dernières 24 heures à la recherche de SRAS-cov-2 et si oui quel est le résultat ? ». Les réponses sont enregistrées puis une extraction des bases de données permet de comparer le résultat obtenu par le test Ag au résultat obtenu par RT-PCR, considérée comme le gold standard.

Résultats

Entre le 23 Novembre 2020 et le 15 Décembre 2020, plus de 300 laboratoires repartis essentiellement en IDF et en PACA ont participé à l’étude. 1666 patients avaient réalisé un test Ag dans les 24h qui précédaient leur venue.

Les données sont regroupées dans le tableau suivant :

FAUX NEGATIFS :

Sur 1327 patients déclarant avoir un test Ag négatif <24h ⇒ 111 patients ont une PCR positive ; soit 8.3%

A l’échelle des quelques 200 000 tests Ag rendus négatifs par semaine, cela représente plus de 16 000 personnes positives faussement rassurées.

FAUX POSITIFS :

Sur 339 patients déclarant avoir un test Ag positif<24h ⇒ 214 patients ont une PCR négative ; soit 63%

A l’échelle des quelques 50 000 tests Ag rendus positifs par semaine, cela représente donc 18 500 patients réellement positifs et 31 500 patients diagnostiqués à tort !

Conclusion

  • Sensibilité : les tests Ag rendent beaucoup de faux négatifs. Ces dernières semaines plusieurs dizaines de milliers de positifs ont été rendus négatifs à tort. Ce pourcentage est certainement minoré car seuls les patients ayant des doutes et des signes cliniques ont contrôlé leur résultat négatif en test antigé-nique. De plus, les données scientifiques montrent que les tests antigéniques réalisés sur des patients asymptomatiques présentent des défauts de sensibilité plus importants.
  • Spécificité : l’ampleur du défaut de spécificité est plus importante que ce que nous attendions ou que ce que nous retrouvions dans la littérature scientifique internationale. Les défauts d’utilisation et d’interprétation de ces tests Ag par du personnel sans « culture de la biologie médicale » expliquent sans doute ces mauvais résultats.

Si le recours aux tests Ag dans un cadre strict (réalisé dans les bonnes conditions d’utilisation et par du personnel formé) peut s’avérer utile dans le cas où le dépistage par RT-PCR n’est pas accessible dans les 24 heures, la situation des dernières semaines durant laquelle le délai de rendu des PCR s’est très nettement amélioré (100% des PCR rendues en moins de 24h dans le réseau Biogroup réalisant 20% des PCR nationales), ne justifie pas l’utilisation des tests Ag telle qu’elle est envisagée en France. Ces tests antigéniques devaient être un complément des tests RT-PCR. Les premières indications de la Haute Autorité de Santé (HAS) étaient claires et bien cadrées : les tests antigéniques devaient être réservés lorsqu’un résultat de RT-PCR ne pouvait être obtenu rapidement. En effet, le manque de fiabilité de ces tests était alors compensé par l’avantage de récupérer un résultat rapidement. Or, l’élargissement de ces tests à tous les patients, notamment les asymptomatiques (population où les performances de ces tests sont les plus mauvaises) a conduit le grand public à les utiliser massivement au détriment des tests de référence RT-PCR. Au final, par une information insuffisante des autorités vers le grand public et une formation insuffisante des opérateurs de ces tests, les autorités ont substitué à un examen aux très bonnes performances (RT-PCR), des tests de piètre qualité, entrainant ainsi une perte de chance importante pour les patients.

Discussion

L’étude comporte sans doute un biais de sélection. En effet, pourquoi les gens qui ont un test Ag reviennent pour une RT-PCR ? Sans doute parce que leur état clinique ou le contexte devaient être discordants par rapport au résultat rendu. Cependant, l’intérêt de cette étude réside dans la multiplicité des tests utilisés et des populations testées. Elle représente une image réelle du terrain, de ce qui se passe pendant les campagnes de dépistage. Toutes les autres études ne se focalisent que soit sur un réactif unique, soit sur une population unique (comme les symptomatiques par exemple). De plus, notre étude prend en considération toutes les erreurs d’interprétation, de lecture, de manipulation qui pourraient survenir par des opérateurs mal formés. En effet, toutes les études qui évaluent les performances de ces tests sont réalisées dans des conditions strictes de maîtrise des procédures de réalisation de ces tests : température, temps de migration, lecteurs formés, etc. C’est ce qui peut expliquer les fortes discordances observées entre nos résultats et les fiches fournisseurs qui annoncent des performances exceptionnelles qu’aucune étude n’a réussi à retrouver !

Références :

Arrêtés ministériels :

Haute autorité de santé (HAS) :

Etude SFM : Analyse des valeurs de Ct obtenues sur environ 3000 écouvillons naso-pharyngés détectés positifs pour au moins un gène du SARS-CoV-2 et analysés au CHU de Rennes entre juin et octobre 2020

Évaluation CHU Henri Mondor : Évaluation de la performance diagnostique des tests rapides d’orientation diagnostique antigéniques COVID-19

Evaluation du test antigénique Abbott dans un cluster (Lyon) : Evaluation du Test Antigénique ABBOTT SARS-COV2 ABBOT

Article VIDAL (20/10/2020) : Dépistage de la covid-19 : les trod antigéniques désormais autorisés en ville

Article revue prescrire (30/10/2020) : Covid-19 : nouvelles données d’évaluation de tests antigéniques

Outil d’estimation statistique de la fiabilité des tests en fonction de la prévalence, sensibilité et spécificité : Interpreting a covid-19 test result