Dépistage IST par PCR : tout ce que vous devez savoir pour votre santé sexuelle

— 2 septembre 2025

Le dépistage des infections sexuellement transmissibles (IST) par PCR est un outil essentiel pour préserver sa santé sexuelle, permettant un diagnostic précoce et une prise en charge rapide des infections asymptomatiques. Selon les recommandations de la Haute Autorité de Santé, un dépistage systématique est désormais préconisé chez les jeunes femmes sexuellement actives de 15 à 25 ans.

Qu’est-ce que la technique PCR ?

La PCR (Polymerase Chain Reaction) est une technique de biologie moléculaire permettant d’amplifier spécifiquement une séquence d’ADN cible en grande quantité. Son principe repose sur la répétition de cycles thermiques comprenant trois étapes : la dénaturation de l’ADN, l’hybridation d’amorces spécifiques, et l’élongation par une ADN polymérase thermostable. Cette méthode présente plusieurs avantages pour le dépistage de certaines IST :

  • Haute sensibilité et spécificité, permettant de détecter de très faibles quantités d’ADN pathogène
  • Rapidité des résultats, généralement obtenus en quelques heures
  • Possibilité de détecter simultanément plusieurs agents pathogènes (PCR multiplex)
  • Efficacité pour identifier des infections asymptomatiques
  • Adaptabilité aux nouveaux variants grâce aux mises à jour des séquences cibles

Quelles IST peuvent être dépistées par PCR (dépistage Chlamydia, chlamydiae trachomatis, gonocoques…) ?

La PCR est une méthode de choix pour le dépistage de nombreuses IST, offrant une grande sensibilité et spécificité. Les principales IST détectables par PCR incluent :

  • Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae : dépistage recommandé par PCR sur prélèvement vaginal/cervical chez la femme ou urines du premier jet chez l’homme, ainsi que sur prélèvements pharyngé et/ou rectal.
  • Mycoplasma genitalium : détectable uniquement par PCR, avec une prévalence de 3,4% en France
  • Trichomonas vaginalis : PCR plus sensible que la microscopie, prévalence de 1,7%
  • Virus de l’herpès génital (HSV) : PCR sur prélèvement de lésions
  • Papillomavirus humain (HPV) : PCR sur frottis cervico-vaginal, ou sur (auto-)prélèvement vaginal.

La PCR offre une excellente sensibilité (>95%) et spécificité (>99%) pour la plupart de ces pathogènes, permettant un diagnostic fiable même en l’absence de symptômes. Les tests PCR multiplex permettent de détecter simultanément plusieurs agents pathogènes, optimisant ainsi le dépistage.

Comment se passe un test de dépistage IST (combien de temps, pcr urinaire, pcr multiplex…) ?

Le dépistage complet des IST comprend plusieurs sérologies sur prélèvement sanguin (HIV, Hepatites B et C, Syphilis) ainsi que la recherche par PCR d’agents bactériens (Chlamydiae trachomatis, Neisseria gonorrhoeae notamment). Cette dernière peut être réalisé à partir de différents types d’échantillons, selon l’infection recherchée, les pratiques sexuelles et le sexe du patient :

  • Chez l’homme : premier jet d’urine (sans avoir uriné depuis au moins 1h) ou prélèvement urétral
  • Chez la femme : auto-prélèvement vaginal ou prélèvement cervical par un professionnel de santé
  • Pour les deux sexes : prélèvements pharyngés ou anaux selon les pratiques sexuelles

La procédure est simple et indolore. Pour un auto-prélèvement vaginal, la patiente insère elle-même un écouvillon dans le vagin pendant 10-30 secondes. Pour un prélèvement urinaire, le patient recueille les premiers 20-40 mL d’urine dans un flacon stérile. Les échantillons sont ensuite analysés en laboratoire par PCR. Les résultats sont généralement disponibles dans les 24 heures suivant le prélèvement. En cas de résultat positif, le laboratoire contacte le médecin prescripteur (ou le patient directement) pour assurer une prise en charge rapide du patient.

Quand faut-il faire un bilan IST par PCR ?

La Haute Autorité de Santé recommande un dépistage systématique des infections à Chlamydia trachomatis par PCR chez les femmes sexuellement actives de 15 à 25 ans, à renouveler annuellement en cas de rapports sexuels non protégés avec un nouveau partenaire. Un dépistage ciblé est préconisé pour les hommes et femmes présentant des facteurs de risque, notamment : multipartenariat, changement récent de partenaire, antécédents d’IST, hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH), et personnes en situation de prostitution. Pour les HSH et personnes transgenres à risque élevé, un dépistage trimestriel est recommandé. En population générale, un dépistage est conseillé à chaque changement de partenaire et annuellement en cas de multipartenariat. Le dépistage des IST bactériennes par PCR sur prélèvements locaux, et toujours associé au dépistage par sérologie du VIH, de l’hépatite B (et éventuellement des hépatites A et C) et de la syphilis.

  • Dépistage systématique : femmes 15-25 ans, annuel si nouveaux partenaires
  • Dépistage ciblé : facteurs de risque (multipartenariat, HSH, antécédents d’IST)
  • HSH et transgenres à risque : dépistage trimestriel
  • Population générale : dépistage VIH à chaque changement de partenaire

Où peut-on réaliser un dépistage IST par PCR ?

Le dépistage des IST par PCR est désormais accessible dans plusieurs structures :

  • Laboratoires d’analyses médicales : depuis le 1er septembre 2024, le dépistage de 4 IST (chlamydia, gonorrhée, syphilis, hépatite B, VIH) est possible sans ordonnance dans tous les laboratoires. Pour les moins de 26 ans, ce dépistage est entièrement pris en charge par l’assurance maladie. Pour les patients de plus de 26 ans, la prise en charge se fait par l’assurance maladie et les mutuelles selon les taux de remboursement habituels.
  • Le bilan d’IST peut également être prescrit par lors d’une consultation avec votre médecin traitant, votre sage-femme ou un médecin spécialiste.

Ces options facilitent l’accès au dépistage, permettant une détection précoce et une meilleure prise en charge des IST.

IST : Il n’a jamais été aussi simple de se dépister

Depuis le 1er septembre 2024, le dépistage sans ordonnance en laboratoire de biologie médicale sera élargi en France pour inclure des tests de diagnostic avancés pour quatre nouvelles infections sexuellement transmissibles (IST) telles que la chlamydia, la gonorrhée, l’hépatite B et la syphilis, en plus du dépistage du VIH, dans le cadre de l’initiative « Mon test IST », visant à améliorer l’accès aux soins et à réduire la transmission des IST. 

Le dispositif « Au labo sans ordo » permet un dépistage sans rendez-vous et sans ordonnance, directement en laboratoire. 

  • Pour les moins de 26 ans : prise en charge intégrale sans avance de frais, couverte à 100 % par l’Assurance Maladie. 
  • Pour les plus de 26 ans : remboursement à hauteur de 60 % par la Sécurité Sociale, avec les 40 % restants à la charge de la mutuelle ou du patient. 

Quelle est la fiabilité des tests PCR pour les IST ?

Les tests PCR pour le dépistage des IST sont considérés comme très fiables, avec une sensibilité et une spécificité généralement supérieures à 95%. Pour l’infection à chlamydia et la gonorrhée, la PCR offre une sensibilité de plus de 95% et une spécificité supérieure à 99%, surpassant les méthodes de culture traditionnelles. Comparée à d’autres techniques, la PCR présente plusieurs avantages :

  • Plus sensible que la microscopie pour détecter Trichomonas vaginalis
  • Seule méthode capable de détecter efficacement Mycoplasma genitalium
  • Plus rapide et plus précise que la culture pour le gonocoque

Conclusion

Le dépistage régulier des IST est essentiel pour préserver sa santé sexuelle et celle de ses partenaires. La méthode PCR pour la détection de Chlamydiae trachomatis et Neisseria gonorrhoeae, hautement sensible et spécifique, permet de détecter précocement ces infections, même asymptomatiques, facilitant ainsi une prise en charge rapide et efficace. Il est recommandé de se faire dépister au moins une fois par an en cas de rapports non protégés ou de changement de partenaire, et plus fréquemment pour les populations à risque élevé. En cas de doute ou de prise de risque, n’hésitez pas à consulter un professionnel ou à réaliser directement un dépistage sans ordonnance accessible dans tous les laboratoires. Prendre soin de sa santé sexuelle, c’est aussi protéger celle des autres.

Les réponses à vos questions

Le test se fait par prélèvement (urétral, vaginal, cervical, urinaire ou pharyngé/anal) et est analysé en laboratoire. Les résultats sont disponibles en 24 heures.

Oui, la PCR détecte efficacement Chlamydia trachomatis Neisseria gonorrhoeae, même sans symptômes.

C’est un prélèvement de cellules ou de fluides génitaux effectué avec un écouvillon, puis analysé pour rechercher des agents pathogènes.

La PCR pour dépister une infection à Chlamydia est très fiable, avec une sensibilité >95% et une spécificité >99%.

Les résultats sont généralement disponibles en 24 heures.

L’infection à chlamydia se détecte par PCR sur un prélèvement vaginal, cervical ou urinaire.

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