virus variant londres

Avec l’annonce récente de chercheurs britanniques qui déclarent avoir identifié un nouveau variant du Sars-Cov2 potentiellement plus contagieux, l’inquiétude de la communauté internationale grandie.

Que sait-on sur ce nouveau variant ?

Les mutations dans les virus à ARN* sont fréquentes et constituent un moyen pour l’agent pathogène d’évoluer. Des milliers de ces mutations ont déjà été décrites depuis janvier 2020. Elles sont d’autant plus fréquentes lorsque le génome est long. Or, le Sars-Cov 2 est le virus à ARN qui possède le génome le plus long, il est donc sujet à de nombreuses mutations. Cette donnée doit être mise également en perspective avec la capacité du Sars-Cov2 à pouvoir réparer, contrairement à d’autres virus à ARN, dans une certaine mesure ces erreurs de transcription.

*Les virus ARN sont des virus dont le génome est constitué d’ARN et non pas d’ADN

62% des nouvelles contaminations à Londres sont dues à ce variant
Ce qui laisse supposer qu’il possède un avantage sélectif par rapport aux autres variants, comme une contagiosité supérieure.

Plusieurs interrogations sont légitimes

Une réinfection par un virus muté est-elle réaliste ? Ces mutations diminueront-elles la protection vaccinale jusqu’à la rendre totalement inefficace ? C’est pour cela que toute la communauté scientifique surveille de façon très rapprochée ce nouveau mutant. D’autres mutants ont été recensés comme en Afrique du Sud ou l’un deux serait responsable d’une vague sans précédent qui touche le pays.

Cette crise sanitaire nous montre depuis le début, qu’il faut faire preuve d’humilité et que les certitudes d’aujourd’hui seront les erreurs de demain.

Questions/réponses

Est ce que ce nouveau variant circule en France ?

Il a déjà été retrouvé dans plusieurs pays et semble circuler très rapidement. Il est donc fort probable qu’il circule déjà dans notre pays.

Pourquoi inquiète-t-il plus que les milliers d’autres mutants déjà existants ?

C’est la première fois qu’un mutant présente autant de mutation en même temps et sur des protéines essentielles dans la physiopathologie du virus.

Peut-on le détecter par des tests spécifiques ?

Non en pratique courante : cela nécessite un séquençage entier du génome, analyse uniquement réalisée dans les laboratoires de recherche. Par contre, avec certains réactifs de PCR, le mutant présente un profil positif particulier qui peut faire suspecter sa présence.

Si j’ai ce mutant, est ce que mon test PCR sera positif ?

Oui, le diagnostic ne change pas : le génome du mutant sera détecté par les tests PCR car les réactifs recherchent toujours plusieurs gènes du virus. Quelques réactifs donneront un profil positif particulier, mais si vous êtes infectés par ce mutant, les tests PCR resteront positifs.

Est-ce que ce mutant est plus dangereux ?

Pour l’instant, aucune donnée scientifique ne permet d’affirmer une dangerosité accrue du virus. Cependant, la probabilité qu’il soit plus contagieux par une plus grande affinité de sa protéine spike avec sa cible et qu’il induise une réponse immunitaire différente est très forte. C’est pour cela qu’il est surveillé étroitement par toute la communauté scientifique.

Le nouveau vaccin sera-t-il efficace contre ce nouveau mutant ?

A l’heure actuelle, il n’y a aucune certitude. Cependant, les réponses immunitaires sont complexes et font souvent intervenir plusieurs anticorps. De plus, la mutation ne concerne qu’une toute petite partie de la protéine spike donc la probabilité que l’efficacité du vaccin soit diminuée reste faible.

Quels sont les signes cliniques de ce nouveau variant ?

A l’heure actuelle, rien ne permet de différencier cliniquement ce nouveau variant. Les signes cliniques restent les mêmes et sont peu spécifiques hormis la perte de gout et d’odorat.

Les patients qui ont déjà eu une infection au Sars-Cov2, peuvent-ils ré-attraper la COVID avec ce mutant ?

Pour l’instant il n’existe pas de preuves que l’on puisse faire une infection COVID à ce nouveau variant si on a déjà eu la COVID. Cependant, ces mutations sont également observées dans les cas d’infections chroniques, où elles peuvent altérer la capacité du virus à être reconnu par les anticorps produits par le système immunitaire. Ce point doit donc être éclairci par les équipes de scientifiques.

Pour aller plus loin :

Ce variant est remarquable par le nombre de mutations apparues en même temps et sur des régions de son génome essentielles à sa physiopathologie :
23 mutations au total = 14 mutations, 3 délétions et 6 mutations silencieuses

Mutation protéine de spike

Plusieurs mutations inquiètent particulièrement puisqu’elles touchent la protéine spike (s) : en effet, c’est cette protéine qui est responsable de l’entrée du virus dans les cellules cibles. C’est également la protéine qui induit la synthèse des principaux anticorps neutralisants (les anticorps protecteurs qui permettent de ne pas être réinfectés). Enfin, c’est cette même protéine qui est utilisée dans une grande majorité des vaccins candidats et notamment via les vaccins à ARN messagers. Si pour l’instant il n’existe aucune preuve de modifications assez importantes sur la protéine S pour diminuer la réponse immunitaire ou l’efficacité des vaccins, les scientifiques et médecins surveillent étroitement ce mutant.

Mutation N501Y

Cette mutation modifie ainsi la capacité du virus à rentrer dans la cellule. À la vue de la vitesse de propagation de ce virus, il semblerait que cette modification d’affinité se soit faite malheureusement dans le sens de l’augmentation. Ce point reste encore à démontrer en mesurant la capacité d’infection en culture cellulaire d’un virus mutant vivant.

Mutation P681H

Là encore, la mutation touche un mécanisme essentiel dans le processus d’entrée du virus dans la cellule. C’est la première fois que les chercheurs retrouvent dans le même virus ces deux mutations.

Délétion 69-70

Cette délétion a déjà été retrouvée chez des patients dans un contexte d’échappement immunitaire lors d’immunothérapie par des anticorps anti-Sars-Cov2.

Cette région du génome est également une des 3 cibles de certains réactifs de PCR comme le réactif de thermofisher. Dans ce cas, les trois cibles recherchées sont les gènes n, orf1 et spike. Dans le cas de ce variant, les résultats seront positifs uniquement sur les gènes n et orf1 et négatif sur le spike. Cela n’impactera pas le résultat final : avec deux cibles positives, le diagnostic est posé. Cependant, ce profil là doit faire suspecter la présence de ce variant.

Nos plateaux d’Ile de France utilisent depuis peu ce type de réactif qui permet de détecter un profil pouvant être le virus mutant. C’est pour cela que tous les échantillons présentant ce profil, retrouvés dans les plateaux techniques Biogroup Ile de France, seront envoyés au CNR pour séquençage et confirmation que ce sont bien des souches mutantes anglaises. Nous essayerons ainsi d’alerter en cas d’arrivée de ce virus en France.

Ces mutations impacteront-elles la réponse immunitaire ?

En d’autres termes, les anticorps neutralisants obtenus après une infection ou une vaccination seront-ils en mesure de neutraliser ce variant avec la même efficacité ? Même s’il n’existe encore aucune donnée à ce sujet, les scientifiques estiment, au vu du nombre de mutations simultanées et sur des régions clés du génome, que la probabilité d’un impact sur la réponse immunitaire est forte.

De plus, on sait que les coronavirus sont des virus qui ont, au fur et à mesure de leur mutation et évolution, une forte capacité à échapper au système immunitaire. Cependant, les réponses immunitaires sont «polyclonales» et touchent souvent plusieurs cibles du virus, permettant une efficacité malgré les mutations sur une cible.

Dr Laurent KBAIER