Le test virologique par RT-PCR est l’outil de choix permettant de poser le diagnostic de la maladie Covid‑19. Il est basé sur la recherche directe du virus dans le naso-pharynx du patient. Il convient de faire le diagnostic RT‑PCR le plus tôt possible dans la maladie pour augmenter sa sensibilité. Il convient de faire le diagnostic RT-PCR le plus tôt possible dans la maladie pour augmenter sa sensibilité.

Le portage du virus dans le naso-pharynx est transitoire : il est donc possible d’avoir la maladie Covid-19 avec une RT-PCR négative (20 à 30% de faux négatifs). Il est conseillé en cas de forte suspicion clinique de Covid-19 de réitérer les prélèvements.

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La RT-PCR est une recherche du matériel génétique du virus (ARN)

Source : Société Française de Microbiologie

Le virus est composé d’une capsule protéique qui protège le matériel génétique permettant la réplication du virus dans les cellules de l’hôte. Ce virus contient de l’ARN, qui a les mêmes fonctionnalités que l’ADN de nos cellules.

Le prélèvement est effectué par écouvillonnage du naso-pharynx principalement.
Ce prélèvement n’est pas douloureux mais assez désagréable.

Cet ARN est hautement spécifique du virus. En effet, par la technique appelée RT-PCR, la recherche de gènes strictement spécifiques du Sars-CoV-2 s’effectue à l’aide de sondes nucléiques.

Ces sondes correspondent aux « empreintes digitales » du virus et permettent d’éviter les réactions faussement positives avec un autre coronavirus. La spécificité de ce test est donc excellente.

De plus la RT-PCR amplifie plus d’un milliard de fois la présence de ces gènes spécifiques. La sensibilité de cette technique est normalement très bonne. Cependant, nous avons maintenant assez de recul pour évaluer cette sensibilité.

Elle apparait inférieure aux attentes : 70%. C’est-à-dire que sur 10 prélèvements effectués sur des patients COVID+, 3 ressortent avec un test RT-PCR négatif. Or, d’habitude, les niveaux de sensibilité des RT-PCR avoisinent les 97-98%.

Ces performances, inférieures au standard, s’expliquent sans doute par plusieurs facteurs. Le plus probable étant le portage transitoire du virus dans le naso-pharynx. En effet, il semblerait que la présence du virus soit très variable dans le temps et en fonction des signes cliniques. On pourrait donc penser que les faux négatifs correspondent aux patients qui n’ont pratiquement pas de virus dans le naso-pharynx. L’idéal serait d’obtenir un prélèvement plus profond comme un lavage broncho-alvéolaire mais ces prélèvements invasifs sont difficilement réalisables en routine.

Pour réaliser un test RT-PCR Covid-19

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