Le dépistage de l’infection à Chlamydia se fait dans un laboratoire de biologie médicale à partir d’un ou plusieurs prélèvements indolores réalisés au niveau des zones suivantes selon le contexte :  urine, vagin, rectum, gorge, œil… la présence de la bactérie est alors mise en évidence par une technique recherchant son matériel génétique, par exemple la PCR (Polymerase Chain Reaction).